Iščemo

Iščemo študente za diplomske naloge z okvirnimi naslovi:

• Identifikacija in genotipizacija kandidatnih genov za obarvanost pri postrveh.
• Pregledovanje izbranih genomskih regij atlantskega lososa (Salmo salar).
• Pregled in analiza možnih vzrokov za deformities pri soškem lipanu s poudarkom na genetskih in prehranskih dejavnikih.
• Populacijsko genetska struktura soške postrvi v potoku Slatenik, kamor je bila vnesena leta 2001.

Za podrobnosti se obnite na naslove: simona.susnik@bfro.uni-lj.si, andrej.razpet@bfro.uni-lj.si ali ales.snoj@bfro.uni-lj.si, tel. 01 7217 912.

Mentorji bodočih diplomskih nalog, doc. dr. Simona Sušnik, dr. Aleš Snoj in asist. dr. Andrej Razpet so se v dosedanjem obdobju večinoma ukvarjali s filogeografijo, populacijsko in konzervacijsko genetiko salmonidov, v zadnjem času pa se posvečajo tudi raziskavam s področja genomike. Razpisane teme diplomskih nalog so vezane na delo v genetskem laboratoriju. Predvidoma naj bi laboratorijsko delo z analizo rezultatov trajalo 2-4 mesece.

Nekaj slik, laboratorijski vsakdanjik, terensko delo:

Podrobnejši opis diplomskih nalog:

• Identifikacija in genotipizacija kandidatnih genov za obarvanost pri postrveh. Osnovni namen večjega projekta, ki trenutno poteka v skupini, je odkriti genetske označevalce, ki sovpadajo s specifično obarvanostjo soške postrvi (marmorirani vzorec). S pristopom primerjalne genomike bomo izbrali gene, za katere so tuji raziskovalci pri modelnih vrstah rib (Danio, Takifugu) potrdili, da sodelujejo pri tvorbi specifičnih kožnih vzorcev in posamezne regije teh genov skušali pomnožiti pri soški in potočni postrvi. Enonukleotidne zamenjave, ki bodo ločevale vzorce soških in potočnih postrvi, bomo z enostavnimi genotipizacijskimi testi testirali na vzorcih F2 generacije križancev med soško in potočno postrvjo in ovrednotili, ali genotip sovpada z vzorcem obarvanosti pri F2 generaciji križancev.
• Pregledovanje izbranih genomskih regij atlantskega lososa (Salmo salar). Izbrane genomske regije v obliki BAC klonov bomo pregledovali s fingerprinting analizo. Restrikcijske profile BAC klonov, izoliranih iz genomske BAC knjižnice lososa, bomo računalniško obdelali, določili prekrivanja BACov, s pomočjo hibridizacije izbrali klone, ki vsebujejo celotne gene, ki nas zanimajo, in določili njihova nukleotidna zaporedja. Na osnovi teh zaporedij bomo v ohranjenih regijah gena določili oligonukleotidne začetnike, s katerimi bomo pomnožili in določili nukleotidna zaporedja regijam gena tudi pri potočni postrvi (Salmo trutta)
• Pregled in analiza možnih vzrokov za deformities pri soškem lipanu s poudarkom na genetskih in prehranskih dejavnikih. Soški lipan je močno ogrožena endemna vrsta, katere repopulacija temelji na njegovi ribogojniški vzreji. Pravzaprav je ribogojniška vzreja edini način za njegovo ohranitev in rehabilitacijo. Pri ribogojniški vzreji pa prihaja do določenih problemov; eden večjih je fizični deformities, ki se kaže kot ukrivljenost telesa, ki močno prizadene splošno viabilnost in reprodukcijske sposobnosti deformiranih osebkov. Možnih vzrokov je več in vključujejo tako prehranske, genetske kot infekcijske dejavnike oz. njihove interakcije. Namen diplomske naloge je zbrati ustrezno literaturo, reanalizirati in integrirati rezultate, ki so bili v zvezi s to deformacijo do sedaj pridobljeni na osnovi nekaterih med seboj nepovezanih raziskav in podati strategijo za identifikacijo pravih vzrokov za to bolezen. Diplomska naloga je teoretične narave in predvidoma ne vključuje laboratorijskega dela.
• Populacijsko genetska struktura soške postrvi v potoku Slatenik, kamor je bila vnesena leta 2001. V juniju 2001 smo skupaj z Zavodom za ribištvo izvedli repopulacijo soških postrvi, ki so izvirale iz potoka Predilca, ki ga je pred tem uničil plaz v Logu pod Mangartom. V potok Slatenik je bilo vloženih 90 rib. Glede na večletna opazovanja populacije smo potrdili, da so se vložene soške postrvi dobro prilagodile na novo okolje in se v njem tudi uspešno razmnožujejo. Glede na generacijski čas postrvi predvidevamo, da potok naseljujejo postrvi druge in tretje generacije potomcev vloženih osebkov. Namen diplomske naloge je z različnimi genetskimi označevalci raziskati populacijsko strukturo (heterozigotnost, parjenje v sorodstvu, itd.) soške postrvi v potoku Slatenik in jo primerjati z znano populacijsko strukturo starševske populacije in drugih populacij čistih soških postrvi.