Iščemo

Iščemo mladega raziskovalca:

• Trajanje razpisa (čas za oddajo vlog kandidatov): 04.06.2010 - 09.07.2010
• Začetek: predvidoma oktober 2010
• Trajanje: 3,5 let (enovit doktorski študij)
• Mentor: dr. Aleš Snoj
• Okviren naslov doktorske naloge: Genetika dolbenja apnenčastega kamenja pri prstacu (Lithophaga lithophaga)

Glavni cilj predlaganega projekta je definirati genetsko ozadje, ki omogoča morski školjki prstacu (Lithophaga lithophaga) dolbenje apnenčastega kamenja, in oceniti možnost regulacije genov, udeleženih pri tem procesu.

Dolbenje kalcijevih kamnin je za prstace energetsko zahteven proces. Omejena cirkulacija vode, ki je značilna za mikrohabitat prstacev, omejuje dostop hranilnih snovi potrebnih za njihovo rast. To je verjetno najpomembnejši dejavnik, ki povzročata izrazito počasno rast teh školjk, ki potrebujejo ca. desetkrat več časa, da dosežejo isto velikost kot npr. dagnje (Mytilus edulis). Poznavanje mehanizmov odgovornih za dolbenje kamenja bi pripomoglo k prepoznavanje specifičnih dejavnikov (fizioloških, okoliških ali interakcija obeh), ki vplivajo na razvoj in rastno kapaciteto prstacev. Čeprav so mehanizme dolbenja že preučevali, končnega odgovora še ni. Dolbenje naj bi povzročala kemična razgradnja apnenca, ki naj bi jo povzročali lipoproteini, ki se vežejo na kalcij, in ki jih izloča paliarna žleza školjčnega plašča. Po drugi hipotezi naj bi topljenje kamenja povzročalo kislo okolje, ki nastane kot posledica padca pH vrednosti zaradi metabolnega CO₂. V obeh primerih mehanizem dolbenja temelji na specifičnem genetskem ozadju, ki ga določajo ali specifični geni značilni za organizme, ki dolbejo kamenje, ali specifična raven genske ekspresije, ki variira med organizmi, ki si so sposobni dolbenja, in tistimi, ki niso. Pričakuje se, da se odgovorni geni (kandidatni geni) nahajajo v metabolno aktivnem tkivu (paliarna žleza ali pallium). Osvetlitev mehanizmov odgovornih za dolbenje kamna bi omogočila vpogled v sistem prilagajanja teh školjk na za rast težavnem okolju, in omogočila razvoj novih strategij v komercialni produkciji prstacev.

Kandidatne gene bomo identificirali s primerjalno analizo ekspresijskih DNA profilov pri prstacih in njim sorodnim simpatričnin ekvivalentom (e.g., M. edulis). Določanje diferencialno ekspimiranih genov pri prstacih in primerjanih ekvivalentih bo potekalo s pomočjo subtraktivne hibridizacije z mRNA iz paliarne žleze in metabolno aktivnega tkiva prstaca in dagnje. Fenotipske razlike med preučevanimi školjkami bomo analizirali tudi na ravni DNA transkripcije s primerjavo transkripcijskih profilov različnih tkiv z uporabo cDNA mikromreže za Mytilus sp. Diferencialno ekspresijo in EST-ekspresijske profile dobljene preko subtraktivne cDNA knjižnice bomo potrjevali s qRT-PVR. Celotne cDNA sekvence diferencialno eksprimiranih genov bomo dobili s 5' in 3' RACE-PCR. Pozicije eksonov in intronov bomo določili primerjalno in dizajnirali začetne oligonukleotide za pomnoževanje odgovarjajoče jedrne DNA in za sekvenciranje kandidatnih genov. Raven ekspresije preučevanih genov bomo nadzorovali skozi različne življenjske faze prstacev in rezultate vzporejali z morfološkimi in fiziološkimi spremembami skozi ontogenezo preučevanih osebkov.

Za podrobnosti teme se obrnite na naslov ales.snoj@bf.uni-lj.si (tel. 01 7217 912)

Nekaj slik iz laboratorijev in pisarn: